Aboa Vetuksen raunioalue ja arkeologiset esinelöydöt kaivettiin esiin museon perustamista edeltäneissä laajoissa arkeologisissa kaivauksissa vuosina 1992–1995. Nuo kaivaukset kuuluvat yhä laajimpiin keskiaikaisen Turun alueella tehtyihin arkeologisiin kaivaustutkimuksiin. Niiden yhteydessä tontilta löydettiin lukuisia rakennusten kellaritiloja ja muita rakenteita sekä tuhansia esinelöytöjä. Museon pysyvässä näyttelyssä nähtävät esineet on kaikki löydetty tontilta.
Kaivaustutkimuksia museon tontilla jatketaan lähes vuosittain. Kaivausten myötä alueen historiasta saatu tieto syventyy, raunioille saadaan tarkempia ajoituksia ja talteen saatavat esinelöydöt kertovat elämästä juuri tällä paikalla satoja vuosia sitten. Kunkin vuoden kaivauksista laadittu raportti eli kaivauskertomus kokoaa kaivausten yhteydessä tehdyn tutkimustyön yksiin kansiin.